Técnica de secuenciación para el Virus del papiloma humano (VPH)

 La secuenciación de próxima generación (NGS) es una prueba molecular utilizada para la detección y genotipado del Virus del Papiloma Humano (VPH), un virus de ADN de doble hebra con más de 200 genotipos, algunos de alto riesgo oncogénico asociados al cáncer cervicouterino y a otros cánceres anogenitales y orofaríngeos. La identificación del genotipo de VPH es clave para evaluar el riesgo de progresión, apoyar el seguimiento epidemiológico y orientar decisiones clínicas.

La NGS permite identificar múltiples genotipos de VPH en una sola corrida, incluso en coinfecciones y en muestras de tejidos fijados en parafina. El procedimiento incluye la extracción de ADN, amplificación por PCR de regiones específicas, preparación de librerías, secuenciación masiva paralela y análisis bioinformático mediante comparación con bases de datos de referencia.

Los paneles dirigidos de NGS analizan regiones clave del genoma viral, principalmente los genes E6 y E7, oncogenes que inactivan los supresores tumorales p53 y Rb; el gen E2, cuya alteración se asocia con integración viral y mayor riesgo oncogénico; y el gen L1, útil para la identificación genotípica. Este enfoque permite detectar genotipos de alto riesgo como VPH 16 y 18, así como genotipos de bajo riesgo clínicamente relevantes, contribuyendo al diagnóstico y vigilancia del VPH.

Video obtenido de: https://www.youtube.com/watch?v=SiEA65G5ErY  

Referencias Bibliográficas:

1. Andersen K, Holm K, Tranberg M, Pedersen CL, Bønløkke S, Steiniche T, et al. Targeted Next Generation Sequencing for Human Papillomavirus Genotyping in Cervical Liquid-Based Cytology Samples. Cancers (Basel) [Internet]. 2022 [consultado 17 ene 2026];14(3):652. Disponible en: https://doi.org/10.3390/cancers14030652

2. Ambulos NP Jr, Schumaker LM, Mathias TJ, White R, Troyer J, Wells D, et al. Next-Generation Sequencing-Based HPV Genotyping Assay Validated in Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Oropharyngeal and Cervical Cancer Specimens. J Biomol Tech [Internet]. 2020 [consultado 17 ene 2026];27(2):46–52. Disponible en: https://doi.org/10.7171/jbt.16-2702-004

Una prueba PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa) para la detección de Toxoplasma gondii

El Toxoplasma gondii es un parásito intracelular obligado, capaz de causar toxoplasmosis congénita, ocular y enfermedad grave en pacientes inmunocomprometidos. La PCR para Toxoplasma gondii permite la detección directa de su ADN en muestras clínicas, lo que es útil en fases agudas de la infección o cuando la respuesta serológica es insuficiente, proporcionando un diagnóstico temprano, específico y de alta sensibilidad.

Tipo de muestra/s biológicas:

Se utiliza principalmente líquido amniótico (especialmente para el diagnóstico prenatal), sangre (total, suero o plasma) o líquido cefalorraquídeo. También se utilizan muestras fetales y tejidos en infecciones congénitas o en pacientes inmunocomprometidos.

Extracción del ácido nucleico:

El ADN se extrae mediante kits comerciales basados en columnas de sílice o perlas magnéticas, tanto en fluidos como en tejidos. En el caso de los tejidos, incluidos los fijados o incluidos en parafina, se inicia con un proceso de lisis (usualmente con la proteinasa K e incubación prolongada), seguido de purificación mediante kits comerciales o métodos de precipitación. 

Tipo de PCR y los genes amplificados:

En el ámbito clínico se emplean PCR convencionales y PCR anidadas (Nested PCR), principalmente con fines cualitativos, y de forma preferente PCR en tiempo real (qPCR), para detección y cuantificación. Los blancos moleculares más utilizados son el gen multicopia B1 (≈35 copias por genoma) y el elemento repetitivo de 529 pb (Rep-529 / AF146527), que presenta aproximadamente 200–300 copias. Debido a su mayor número de copias, Rep-529 suele ofrecer una mayor sensibilidad analítica y es la diana más utilizada en qPCR, aunque algunos protocolos emplean ambos blancos de forma combinada junto con controles internos.

Tipo de resultados cualitativos o cuantitativos:

Resultados cualitativos: Las PCR convencionales y anidadas proporcionan resultados cualitativos reportando positivo negativo.

Resultados cuantitativos: La qPCR también permite obtener resultados cuantitativos, expresados como valores Ct (ciclo umbral) y, cuando se dispone de curvas estándar, estimación de carga parasitaria. Estos resultados son útiles en muestras como líquido amniótico, para evaluar la carga parasitaria, y para el seguimiento clínico. Los ensayos qPCR han demostrado amplios rangos lineales y límites de detección muy bajos, por lo que en la práctica clínica se utilizan tanto con fines confirmatorios (cualitativos) como para estimación y monitoreo de la carga parasitaria.

Video obtenido de: https://www.youtube.com/watch?v=iu4s3Hbc_bw

Referencias Bibliográficas:

1. Fadel EF, El-Hady HA, Ahmed AM, Tolba MEM. Molecular diagnosis of human toxoplasmosis: the state of the art. J Parasit Dis [Internet]. 2024 [consultado 2026 Ene 10]; 48(2):201–216. Disponible en: https://doi.org/10.1007/s12639-024-01667-1

2. Kasper DC, Sadeghi K, Prusa AR, Reischer GH, Kratochwill K, Förster-Waldl E, et al. Quantitative real-time polymerase chain reaction for the accurate detection of Toxoplasma gondii in amniotic fluid. Diagn Microbiol Infect Dis [Internet]. 2021 [consultado 2026 Ene 10]; 63(1):10–15. Disponible en: https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2008.09.009